Coraz większą rolę odgrywają także koszty zewnętrzne generowane przez transport. Kosztami zewnętrznymi transportu określamy wszelkie koszty zużycia środków służących do wytworzenia usługi transportowej, które nie są ponoszone przez kupującego i wytwórcę usługi, ale przez podmiot trzeci, czyli ogół społeczeństwa.
Do kosztów zewnętrznych wliczane są koszty związane z negatywnymi dla środowiska naturalnego i życia człowieka skutkami działalności transportu: zanieczyszczenie powietrza, wody i gleby, emisja hałasu, wypadki transportowe (w tym leczenie rannych, rehabilitacja, skutki społeczne inwalidztwa i śmierci, przy czym tylko część tych kosztów jest pokryta przez system ubezpieczeń i odszkodowań) oraz koszty związane z zajętością terenu.
Według szacunków za 84% kosztów zewnętrznych w transporcie odpowiada transport drogowy, kolejowy zaś – jedynie za 2%. W Polsce koszty samych wypadków drogowych są szacowane na około 20 mld złotych.